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關(guān)鍵詞：卵巢腫瘤 體細(xì)胞突變基因 卵巢轉(zhuǎn)移 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 

摘要：目的借助癌癥體細(xì)胞突變目錄(COSMIC)數(shù)據(jù)庫(kù)中原發(fā)性卵巢癌和轉(zhuǎn)移性卵巢癌兩類癌組織的全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù),篩選轉(zhuǎn)移性癌相對(duì)于原發(fā)性癌突變率差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的體細(xì)胞基因群,并對(duì)其影響的功能和信號(hào)通路進(jìn)行分析。方法從COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)下載全部腫瘤的全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù),從中提取全部卵巢癌全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù),在R 3.5.3環(huán)境下,對(duì)每個(gè)基因突變?cè)谠l(fā)性卵巢癌和轉(zhuǎn)移性卵巢癌兩類樣本中的突變率行χ2檢驗(yàn)或Fisher確切概率法分析,尋找突變率差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的基因群,并進(jìn)一步將差異突變基因群進(jìn)行基因本體(GO)功能及京都基因與基因組百科全書(shū)(KEGG)通路富集分析,探尋其顯著富集的GO功能和KEGG通路。結(jié)果對(duì)比原發(fā)性卵巢癌與轉(zhuǎn)移性卵巢癌兩類組織樣本共發(fā)現(xiàn)520個(gè)突變率差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的體細(xì)胞突變基因,包括跨膜絲氨酸蛋白酶13(TMPRSS13)、高爾基蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)抑制劑A抗性因子1(GBF1)、Fos樣抗體2(FOSL2)、主導(dǎo)控制樣蛋白3(MAML3)等。突變基因群GO功能富集分析發(fā)現(xiàn)顯著富集的GO功能包括突觸前組織、樹(shù)突發(fā)育、通過(guò)質(zhì)膜黏附分子的細(xì)胞黏附、肌動(dòng)蛋白結(jié)合等,突變基因群KEGG通路富集分析發(fā)現(xiàn)顯著富集通路包括肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架的調(diào)節(jié)、三磷酸腺苷結(jié)合盒運(yùn)載體等。結(jié)論探尋原發(fā)性卵巢癌與轉(zhuǎn)移性卵巢癌之間差異體細(xì)胞突變基因群及其相關(guān)功能通路可為深入揭示卵巢癌的轉(zhuǎn)移調(diào)控機(jī)制提供線索,顯著突變基因群可能成為卵巢癌轉(zhuǎn)移診治的生物標(biāo)志物。

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