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東海帶魚(Trichiurus japanicus)肝臟轉(zhuǎn)錄組SSR和SNP特征分析
關(guān)鍵詞：東海帶魚 轉(zhuǎn)錄組 ssr snp
摘要：本研究以東海帶魚轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),采用MISA軟件進(jìn)行SSR篩選,利用Samtools和GATK進(jìn)行SNP篩選,并進(jìn)行SSR和SNP的特征分析。結(jié)果共獲得SSR49311個(gè),其中完整的微衛(wèi)星共有44625個(gè),復(fù)合型SSR數(shù)目為4687個(gè)。SSR片段長(zhǎng)度11~374bp。重復(fù)長(zhǎng)度小于20bp的序列,有30997條,其中長(zhǎng)度在12~20bp的SSR為7523個(gè),約占總數(shù)的29.35%,呈中等多態(tài)性,重復(fù)長(zhǎng)度大于20bp長(zhǎng)序列為13627個(gè),約占總數(shù)的53.18%,呈較高多態(tài)性;共獲得SNP位點(diǎn)數(shù)876199個(gè),其中顛換335218個(gè),轉(zhuǎn)換540981個(gè),轉(zhuǎn)換、顛換比例為1.61∶1。在非編碼區(qū)的SNP數(shù)量為578020個(gè);在編碼區(qū)的SNP總數(shù)298179個(gè),在編碼區(qū)的堿基轉(zhuǎn)換類型中C→T占比最高,為22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10對(duì)。研究結(jié)果可為今后帶魚的分子標(biāo)記開發(fā)、遺傳連鎖圖譜構(gòu)建以及種質(zhì)資源保護(hù)等提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
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