牦牛MSMB基因的克隆及其生物信息學(xué)分析
關(guān)鍵詞：牦牛 msmb基因 基因克隆 生物信息學(xué)分析
摘要：微精原蛋白β(MSMB)對(duì)動(dòng)物的繁殖功能具有重要的調(diào)控作用。采集成年健康母牦牛的卵巢組織,通過RT-PCR技術(shù)克隆牦牛的MSMB基因,并進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明:牦牛MSMB基因CDS區(qū)長(zhǎng)117 bp,編碼38個(gè)氨基酸;MSMB蛋白分子式C194H308N50O59S4,理論等電點(diǎn)7.69,分子質(zhì)量4.4 ku,脂肪系數(shù)66.58,不穩(wěn)定系數(shù)21.23,屬于穩(wěn)定蛋白質(zhì),半衰期30 h,不具有跨膜結(jié)構(gòu)和信號(hào)肽,是親水性蛋白;與黃牛MSMB基因?qū)Ρ劝l(fā)現(xiàn),牦牛MSMB基因存在1處堿基突變;牦牛與黃牛和綿羊CDS區(qū)核苷酸同源性均在80%以上,說明MSMB基因在進(jìn)化中保守;MEGA 6.0和Clustal X軟件分析結(jié)果表明,牦牛與黃牛首先聚為一小類,其次與綿羊、小鼠和大鼠聚為一類,最終與豬、雞和魚聚為一類,符合物種進(jìn)化規(guī)律,進(jìn)化樹與同源性比對(duì)結(jié)果相符;二級(jí)結(jié)構(gòu)α螺旋、延長(zhǎng)鏈、β-轉(zhuǎn)角和無規(guī)卷曲,分別占13.16%、44.74%、13.16%、28.95%,二級(jí)結(jié)構(gòu)與三級(jí)結(jié)構(gòu)相符;預(yù)測(cè)MSMB蛋白其結(jié)構(gòu)域是PSP94超家族成員。該實(shí)驗(yàn)結(jié)果為進(jìn)一步研究牦牛MSMB基因功能提供了一定理論依據(jù)。
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