基于RNA-seq數(shù)據(jù)鑒定蘇姜豬肉質(zhì)性狀相關(guān)基因
關(guān)鍵詞：蘇姜豬 肉質(zhì)性狀 背最長(zhǎng)肌 腿肌 候選基因
摘要：試驗(yàn)通過對(duì)蘇姜豬背最長(zhǎng)肌和腿肌進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,旨在挖掘影響蘇姜豬肌肉肉質(zhì)性狀的候選基因。選取90和180日齡蘇姜豬各3頭,利用RNA-seq技術(shù)對(duì)90日齡蘇姜豬背最長(zhǎng)肌、180日齡蘇姜豬背最長(zhǎng)肌和腿肌進(jìn)行測(cè)序,對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析。結(jié)果顯示,180日齡蘇姜豬背最長(zhǎng)肌和90日齡蘇姜豬背最長(zhǎng)肌中有1 655個(gè)基因差異表達(dá),其中474個(gè)基因表達(dá)上調(diào),1 181個(gè)基因表達(dá)下調(diào),GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析發(fā)現(xiàn),474個(gè)表達(dá)上調(diào)基因主要參與肌肉纖維、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、鈣信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路、胰島素信號(hào)通路、FOXO信號(hào)通路等生物學(xué)功能,1 181個(gè)表達(dá)下調(diào)基因主要參與免疫、造血、溶酶體、綁定、酶活性等生物學(xué)功能;180日齡蘇姜豬背最長(zhǎng)肌和腿肌中有383個(gè)基因差異表達(dá),其中70個(gè)基因表達(dá)上調(diào),313個(gè)基因表達(dá)下調(diào),GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析發(fā)現(xiàn),70個(gè)表達(dá)上調(diào)基因未能顯著富集,313個(gè)表達(dá)下調(diào)基因主要參與細(xì)胞分化增殖、肌肉發(fā)育、細(xì)胞外基質(zhì)、cGMP-PKG信號(hào)通路等生物學(xué)功能。本試驗(yàn)獲得了蘇姜豬背最長(zhǎng)肌和腿肌組織的轉(zhuǎn)錄組信息,篩選出6個(gè)與蘇姜豬肉質(zhì)性狀相關(guān)的候選基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,為深入研究蘇姜豬肉質(zhì)性狀的分子機(jī)理奠定基礎(chǔ)。
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