新型鴨呼腸孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二級結(jié)構(gòu)預(yù)測及其細(xì)胞抗原表位分析
關(guān)鍵詞：基因特征 二級結(jié)構(gòu) 抗原表位
摘要：本研究旨在對新型鴨呼腸孤病毒(NDRV)QY株σB蛋白的遺傳變異規(guī)律和結(jié)構(gòu)及功能進(jìn)行分析。從GenBank數(shù)據(jù)庫中獲取QY株和25株參考株的σB蛋白編碼序列,通過Mega 6.0軟件進(jìn)行序列比對分析和系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建;使用Datamonkey軟件進(jìn)行選擇壓力分析;運(yùn)用生物信息學(xué)軟件預(yù)測QY株σB蛋白二級結(jié)構(gòu)功能及B細(xì)胞和T細(xì)胞抗原表位。相似性分析結(jié)果顯示,NDRV QY株與國內(nèi)其他地區(qū)分離的鴨呼腸孤病毒(DRV)氨基酸相似性達(dá)到94.9%~98.9%,與禽呼腸孤病毒(ARV)及番鴨呼腸孤病毒(MDRV)的相似性僅為66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;選擇壓力分析顯示,σB蛋白承受凈化選擇壓力,但存在一個正向選擇位點(diǎn);σB蛋白屬于親水蛋白,不具有信號肽和跨膜區(qū),含有潛在的O-糖基化位點(diǎn);結(jié)構(gòu)預(yù)測分析顯示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折疊、β-轉(zhuǎn)角及無規(guī)則卷曲等豐富的二級結(jié)構(gòu);表位分析顯示,σB蛋白含有潛在的B細(xì)胞和T細(xì)胞抗原表位。本研究成功進(jìn)行了QY株σB蛋白的基因特征和結(jié)構(gòu)功能預(yù)測及其細(xì)胞表位分析,為深入了解該蛋白的免疫學(xué)特性及研發(fā)NDRV新型疫苗奠定了基礎(chǔ)。
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