西北干旱區(qū)孑遺瀕危植物四合木(Tetraena mongolica)葉綠體基因組特征研究及比較分析
關(guān)鍵詞：四合木 葉綠體基因組 高通量測序 系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
摘要：四合木(Tetraena mongolica)是我國特有的蒺藜科(Zygophyllaceae)強(qiáng)旱生小灌木,因其起源古老、抗逆性強(qiáng),所以可作為生物多樣性起源和環(huán)境演變研究的理想對象,具有重要的學(xué)術(shù)研究價(jià)值。本研究采用Illumina雙末端測序技術(shù)對四合木葉綠體基因組進(jìn)行建庫測序和分析。選取蒺藜目及牻牛兒苗目共計(jì)30個(gè)物種葉綠體基因組,與四合木進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析探討。結(jié)果表明:四合木葉綠體基因組長度為106259bp,其中反向重復(fù)區(qū)(IR區(qū)中)有7種基因,包括4種PCG基因,3種tRNA基因。葉綠體基因組共編碼98種基因,包括65種蛋白編碼基因、29種tRNA基因與4種rRNA基因。生物信息學(xué)表明,在四合木中共搜到92個(gè)SSR位點(diǎn),其中包括74個(gè)單核苷酸重復(fù)基序,7個(gè)二核苷酸重復(fù)基序,1個(gè)三核苷酸重復(fù)基序,9個(gè)四核苷酸重復(fù)基序和1個(gè)五核苷酸基序。沒有發(fā)現(xiàn)六核苷酸,其中單核苷酸重復(fù)在四合木的葉綠體基因組SSR中占比為80.1%。通過MEGA軟件采用近鄰結(jié)合法(neighbor-joining,NJ)對四合木等31個(gè)物種的葉綠體基因組進(jìn)行聚類分析,發(fā)現(xiàn)四合木與蒺藜科三齒拉雷亞灌木為最近的姐妹種,其次為牻牛兒苗科智利白樺植物親緣關(guān)系較近,與牻牛兒苗科天竺葵屬和牻牛兒苗科高桂花屬親緣關(guān)系最遠(yuǎn),說明四合木屬于蒺藜科物種,這對于四合木的研究等具有一定的參考價(jià)值。
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